胆汁会反流的原因其实有很多，在临床上最常见的就是胃动力不足、胃幽门松弛所致。胆汁的一个来龙去脉，应该是先由肝脏产生，然后通过一系列的导管与胰腺的导管共同开口于十二指肠乳头内，然后继续往下走，进入到小肠大肠里面去发挥这样一个消化的作用。当肝脏分泌出来的胆汁进入到十二指肠之后，不是往下走，也就是不进入小肠反而是往上走，进入到胃里面就叫胆汁反流。
胆汁反流在临床上最常见的原因就是胃动力不足、胃幽门松弛引起来，当胃动力不足的时候，食物就不容易往下走，就会堆积在胃里，这样就会把幽门相应的撑大，再加上如果病人有幽门的松弛，这样进入到十二指肠内的胆汁，就很容易往上走，出现胆汁反流的现象。
除了这个原因，还有其他的一些原因，像胃肠道的溃疡、肿瘤等都会引起胆汁反流，但是胃动力不足、胃幽门松弛最常见。还有的患者喜欢抽烟，烟里的尼古丁会麻痹幽门括约肌，从而也会引起胆汁反流的现象。