肛瘘有可能会导致贫血。一般病史偏短的肛瘘并不会造成什么严重的后果，也不会造成全身症状。但对于一些复杂而病史很长的肛瘘，会造成患者出现肛门功能障碍，比如排便困难。
长期肛门周围的感染以及肿痛、流脓症状的反复发作，会增加患者的营养物质消耗，会造成患者出现贫血、低蛋白血症、身体消瘦等全身症状。
长期的患病也会给患者造成很大的心理压力，会导致患者出现精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时也会导致局部肿痛，会伴有不同程度的体温升高等全身中毒症状。