大多数的舌下腺囊肿，并不能够治愈。舌下腺囊肿是因为舌下腺的分泌小管受到堵塞或者破裂以后，舌下腺的分泌液蓄积在组织内或者流出到组织内，形成的一种囊性病变。
舌下腺囊肿的经典治疗方法是手术摘除舌下腺祛除囊肿，保证局部伤口完全愈合。也有些人尝试使用一些保守治疗的方法，比如袋形开窗术，它的目的是通过人为造成引流口，让舌下腺囊肿中蓄积的舌下腺分泌液流出到正常口腔中，建立新的分泌通道，这样就能够使舌下腺囊肿逐渐缩小，最后甚至愈合。
要寄希望于实现完全自愈，概率是很小的，只有极少数的，比如新生儿早期，如果第一次发作的舌下腺囊肿，有可能可以尝试看它恢复的情况，能不能自愈。对于反复发作的舌下腺囊肿或者成年期的舌下腺囊肿，很少能够实现自愈，都是需要进行手术治疗。