最近几年由于B超以及CT的广泛应用，还有体检人群健康意识的逐渐普及，所以单纯性肾囊肿的发病率是越来越多，一般肾囊肿并没有明显的临床症状，肾囊肿的发现是因为在体检或者在住院过程中偶尔被发现。
较大的肾囊肿是可以引起患者出现一些腰酸不适的症状，如果肾囊肿直径达到5厘米以上时，患者可以出现侧腹部或者腰背部的疼痛。当出现并发症时症状更加明显，比如囊肿如果出血，可以使囊壁突然扩张，包膜出现受压或牵拉，就可以出现腰部剧烈疼痛。
如果合并感染时，除了疼痛以外，还会出现发热、体温升高、全身肌肉酸痛，也会出现恶心、呕吐。