长期尿分叉不能盲目用药。首先，应当做尿道彩超和尿常规检查，明确是否存在尿道肿瘤或者尿道炎，因为这两种疾病是引起尿分叉的常见疾病。
如果明确是由于急性尿道炎引起，则可以在医师指导下服用青霉素类药物或者喹诺酮类药物治疗。假如存在尿道肿瘤良性肿瘤，可以通过服药保守治疗或者手术治疗。假如属于恶性肿瘤则应当尽快手术切除。
部分人群尿分叉还和前列腺增大有关，所以还可以服用一些活血化瘀，促进前列腺组织血液循环的药物改善。