发生对口疮后可以根据致病原因，采取相应的药物治疗。
1.真菌感染引起对口疮时，可以在病损区域涂擦1%~3%的碳酸氢钠溶液，将酸性环境调整为碱性环境，抑制真菌繁殖，配合应用酮康唑、咪康唑、伊曲康唑等抗真菌药物。
2.病毒感染引发对口疮时可以口服蒲地蓝、大青叶、板蓝根等中成药。
3.机体免疫力下降引起复发性对口疮时，可以应用转移因子、胸腺素等免疫调节剂。
4.创面持久不愈合时可以涂擦曲安奈德软膏，或者大量应用糖皮质激素。