直肠重复畸形的手术费用需要根据患者的疾病的严重程度决定的，同时还存在一定的地区差异，还与医院的级别有关，术式的不同，手术的费用肯定是不相同的。
直肠重复畸形的损伤分为以下几种情况，一是直肠系膜旁边的囊性肿物，还有可能是直肠套叠型的直肠重复畸形，手术方式是不同的。大体的手术费用可能要在20000~50000元不等，术后还需要积极的康复治疗。
如果患儿体质比较好，恢复的快，所需的费用会相应的减少。如果患儿的体质差，畸形程度严重，并发症较多，所需的费用就会较高。术后应该注意保持大便通畅，多吃蔬菜水果，多喝水，可以降低并发症的发生。