肝囊肿和肝脓肿的区别很大。
首先，两者的病因不同。肝囊肿是肝脏组织由于先天性因素或者后天炎症、肿瘤、结石等原因引起的肝脏囊泡样改变。而肝脓肿是由于肝实质内脓性物聚积，大部分是由于细菌性或阿米巴性脓肿，造成肝脏局部组织的炎症、坏死、液化、脓液积聚。
其次，两者的症状不同。小的肝囊肿通常没有任何症状，对机体也没有任何影响。而肝脓肿则会引起高热、肝区疼痛、乏力等症状，甚至有部分会引起黄疸。
最后，两者的治疗方案也不同。肝囊肿主要是通过手术治疗，包括腹腔镜下囊肿开窗术，B超引导下肝脏囊肿穿刺术，或者手术切除的方法。而肝脓肿主要是通过抗生素治疗控制感染。