直肠闭锁患儿进行查体时，手指不能进入直肠，可行X线检查、造影检查及超声检查。X线检查是指行倒立侧位X线平片，在患儿会阴肛门部的皮肤上做标记，将婴儿倒立两到三分钟，采取髋关节呈90度的屈曲位，在呼气、吸气及啼哭时均拍一张照片。
造影检查适合直肠闭锁合并瘘管时，通过瘘管插入细导管，注入对比剂，显示直肠末端有无扩张及扩张程度，也可了解瘘管的位置、长度及宽度等。
超声检查可发现直肠的管径增大，直肠盲端呈圆弧状，与肛门表皮无沟通，通过测量盲端与皮肤的距离，可分为高、中、低型闭锁。