肝囊肿的治疗主要为外科治疗。比较常见的有：
1.肝切除术。当囊肿较大，多个囊肿或者已经累及整个肝段或肝叶，可以行肝段或肝叶切除术。
2.囊肿完全切除术。如果囊肿生于肝脏的边缘，而且大部分突出于肝脏表面时，可以在手术时将囊壁最外层与中间层找到剥离面，将整个囊肿切除。
3.囊肿内引流术。适用于囊肿壁较厚以及胆管相通的囊肿，但是，囊肿内引流术容易引起继发性的感染，还需要进行对导管囊腔冲洗，目前不太用。
4.介入治疗。对肝囊肿在B超穿刺下注入硬化剂—无水酒精治疗肝囊肿，无水酒精能使囊壁细胞脱水，蛋白质沉淀，从而使囊壁出现粘连，囊壁封闭。
5.可以在腹腔镜下行囊肿开窗术。