藿香正气水不能跟头孢菌素类的药物一起吃，比如头孢呋辛、头孢他啶、头孢氨苄，还有替硝唑、甲硝唑，以及酮康唑和呋喃唑酮等这类药物也不能共同服用。
因为藿香正气水中含有乙醇成分较多，这些药物和乙醇可发生反应，会导致乙醛中毒，造成双硫仑样反应。若出现反应严重时，可引起过敏性休克，甚至可危及患者生命。
另外，服用藿香正气水期间，也不要服用有滋补作用的中药或中成药物，同时还需注意不要饮酒、吸烟，不宜吃太油腻以及辛辣刺激性的食物。