女性生殖道衣原体感染主要为沙眼衣原体感染是常见的性传播疾病。女性衣原体尿道炎中75%可无症状。女性生殖器衣原体感染的并发症有：
1.衣原体感染宫颈可以引起宫颈炎，常可出现阴道脓性分泌物增加、性交后出血、宫颈肥大、糜烂样改变及滤泡样改变等。
2.衣原体感染宫颈后可上行发展为子宫内膜炎、输卵管炎，表现为发热、腹痛及阴道出血。
3.衣原体上行感染侵犯输卵管黏膜，会导致输卵管黏膜破坏，粘连，输卵管不通，从而导致不孕或异位妊娠。
4.妊娠期感染衣原体可能出现流产；妊娠晚期可以引起胎膜早破，引起早产、死胎及产后盆腔炎。
5.衣原体感染时还可经产道传给新生儿引起感染，可引起新生儿包涵体结膜炎和新生儿肺炎，其感染率高达50%～70%。
6.沙眼衣原体除引起生殖道感染外，还可引起尿道炎、直肠炎、肝周围炎等等并发症。