阴茎有异味一般可以考虑为个人卫生习惯不良、包皮过长、龟头炎等导致，处理方式根据不同病因有所不同。
当个人卫生清洁不到位如内裤不经常换洗、不经常洗澡等时，阴茎处会因为汗液及微生物发酵后产生异味。此种情况只要定期洗澡，更换干净内裤，异味就可以消失。而由于包皮过长，会有很多地方不能清洗到，长此以往会产生大量污垢而引起异味。该种情况应该翻转包皮充分显露龟头，用温水、洁尔阴溶液、复方黄柏液等进行清洗，要根治则建议患者及早行包皮环切手术治疗。
如果是龟头由于外伤、刺激或感染等因素引起的炎症，常伴有龟头水肿、糜烂、出血等，这种情况可以涂抹康复新液、红霉素软膏、夫西地酸乳膏等进行治疗。