耳朵上有囊肿多是考虑炎症诱发的，治疗方法根据囊肿大小决定而不同。
囊肿比较小的、皮肤稍微增厚，可以采取局部理疗、微波治疗等保守治疗方法。要是囊肿较大、积液比较多，建议进行穿刺抽液、加压包扎治疗，若2次穿刺加压包扎疗效仍不明显，建议进行囊腔切开，小窗引流并加压包扎。
耳廓囊肿治疗后会出现瘢痕，因此患处皮肤愈合后较周围皮肤略厚，有时可能出现漏道，致使长期不爱愈合、流液等。