直肠炎的最佳治疗方法其实还是需要对因治疗。
引起直肠炎的原因很多，例如细菌性直肠炎，一般的治疗考虑是进行抗生素抗感染。另外，在治疗由直肠炎引起的腹痛、腹胀和腹泻时，通常选择头孢菌素类抗生素或喹诺酮类抗生素，加硝基咪唑类抗生素。
如果出现了腹胀，可通过口服莫沙必利进行缓解；腹泻可通过口服蒙脱石散进行缓解；消化不良可通过口服金双岐来进行缓解。如果直肠炎患者是属于溃疡性直肠炎，可以使用美沙拉嗪代替抗生素，有时药物灌肠的效果也是不错的。