粪便通过显微镜检查，是可以查出细菌的，而且粪便属于污染较重的分泌物，其中含有一定的细菌，只要不是大量的异常有害细菌，对人的身体是没有影响的。
可以分为粪便常规检查和粪便潜血试验。其中粪便潜血试验是在显微镜下观察是否有红细胞，正常情况下粪便内可以存在极少量的红细胞，但如果存在较多的红细胞，则证明可能是胃肠道的炎症、肿瘤或者其他的出血性的疾病。
而粪便常规检查则是在显微镜下观察粪便内有无黏液、白细胞、细菌、病毒及寄生虫等，从而为临床医生提供诊断的依据。取粪便标本时应用清洁的大便杯，取少量粪便放在里面，并争取在2小时内完成检查，否则有可能会造成标本的污染，出现异常的诊断。