淋菌性尿道炎没有及时治疗，可能会导致尿道出现化脓性的感染。当尿道受到损伤比较严重时会引起尿道狭窄，可能会导致排尿困难，甚至尿潴留。
淋菌性尿道炎还有可能会引起生殖系统感染疾病，比如前列腺炎、精囊炎等，从而影响到男性的生育能力。如果患者没有节制性生活，在性生活时可能会将致病菌传染给性伴侣，使性伴侣出现一些妇科疾病，比如阴道炎、盆腔炎等。
因此在确诊为淋菌性尿道炎疾病后，应尽早进行抗菌治疗，避免引起严重并发症，在治疗期间也要禁止性生活防止交叉感染。