心脏黏液瘤是有可能引起后遗症。心脏黏液瘤患者部分黏液瘤瘤体组织往往容易破损，或者瘤体表面出现血栓。当破损的瘤体组织或者血栓脱落的情况下，会成为血栓，随着血液的流动，引起血栓并发症发生。
比如如果堵塞脑动脉，则会引起脑栓塞现象发生，常常引起患者出现言语功能障碍或者肢体偏瘫，严重的甚至长期卧床。
如果血栓堵塞肾动脉，则会引起肾功能衰竭的现象发生，甚至引起尿毒症而需要透析治疗。这种心脏黏液瘤，及时地做心脏彩超检查，可以及时准确地发现，早期手术治疗往往预后良好。