女性患有巧克力囊肿，在治疗上要先根据我们女性的年龄、对生育的要求、巧克力囊肿的体积大小等等来进行具体的治疗。比如对于我们生育期的女性，如果有生育的要求、一般来说，巧克力囊肿直径大于3个厘米就可以采取手术质量的方法剔除巧克力囊肿。恢复我们女性的生育机能。如果女性没有生育要求，可以放宽到5个厘米。
有的女性，她已经接近绝经期，对于生育没有太多的要求，并且临床症状不是太严重，也可以采取保守治疗。比如说给予达菲林之类的药物，让女性提前绝经。这个巧克力囊肿的体积也可以略微缩小一些。
此外，对于我们女性在做了巧克力囊肿手术之后，也可以应用达菲林预防再次复发。