卵巢妊娠的病因第一有障碍的排卵，由于盆腔炎症引起卵巢周围炎和盆腔炎症。
卵泡内压力降低以及颗粒细胞及卵丘使得卵子排出受到障碍。
第二，输卵管的功能受损，由于先天或者其他原因输卵管上皮的纤毛活动异常或者输卵管产生逆向蠕动，致使受精卵的输送异常。
第三，卵巢表面有利于受精卵种植，卵巢可以产生蜕膜组织以及卵巢表面有内膜异位症病灶这些情况都有利于受精卵的种植。
第四，辅助生殖技术，辅助生殖激素如体外受精，胚胎移植以后发生的意外妊娠中有一部分是卵巢妊娠。卵巢妊娠的治疗，以手术治疗为主所所时应尽量保留卵巢组织。