感染性肠炎，各种细菌感染如志贺菌，沙门菌可引起腹泻，粘液脓血便，里急后重等症状，容易与溃疡性肠炎混淆，粪便致病菌培养可分离出致病菌，抗生素可治愈。
阿米巴肠炎病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡较深，边缘潜行，溃疡间的粘膜多正常，粪便或结肠镜检溃疡渗出物检查可以找到溶组织阿米巴滋养体或包囊，血清抗阿米巴抗体阳性，抗阿米巴治疗有效。
血吸虫病都有疫水接触史，常有肝脾肿大，粪便检查可以发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性，结肠镜检查在急性期可见到粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病理检查，发现血吸虫卵，血清血吸虫抗体检测有助于鉴别。
大肠癌多见于中年以后，直肠癌病人经直肠指检常可触到肿块，结肠镜及活检可确诊，需要注意的是溃疡性肠炎，也可以发生结肠癌变。
肠易激综合征，粪便可有粘液但无脓血，纤维镜检查正常，隐血试验阴性，钙卫蛋白浓度正常，结肠镜检查无器质性病变证据。