真菌性肠炎主要依靠便常规以及肠镜检查进行确诊，通过便常规可以在大便中发现真菌，这是诊断真菌性肠炎的一个比较可靠的依据。另外，肠道检查能够观察到肠道黏膜的病变情况，也能够对肠黏膜进行病理性活检，排除恶性病变的可能性。
真菌性肠炎主要是由于真菌感染引起的疾病，表现为黏液样腹泻、便秘交替出现情况。主要的治疗方法为抗真菌治疗，同时配合吃一些调节肠道菌群的药物。
平时患者要以清淡、易消化食物为主，避免食用辛辣刺激性食物，容易加重病情。