纵隔囊肿大多和先天性的发育不全有关。
纵隔内包含很多的组织，有些组织在胚胎发育的过程中可能会出现残留的情况，就有可能会诱发纵隔囊肿；有些患者发生纵隔囊肿和后天性的因素有关。有些寄生虫可以进入纵隔，刺激纵隔发生炎症，纵隔的组织将寄生虫和炎性细胞包裹起来也可以形成囊肿。
临床上发育异常导致的囊肿以支气管囊肿最为常见。在胚胎时期囊肿就已经出现，出生之后会继续的生长，对气管造成压迫发生症状。常见的囊肿还有心包囊肿、食管囊肿。