月经总不干净不能同房，不管是什么原因引起的月经不干净都不能同房。首先，如果月经没有完全干净就同房，容易引起经血污染，还可能刺激男性的阴茎龟头导致生殖器炎症。
月经没有彻底干净时宫颈口处于扩张状态，如果同房一些病原菌容易沿着扩张的宫颈口进入宫腔，容易引起子宫内膜炎，同时会导致月经更不容易干净。月经总不干净是有原因的，有可能是因为内分泌失调、卵巢功能衰退等引起的。
可能是因为子宫器质性病变引起的，比如子宫内膜息肉、子宫黏膜下肌瘤等。还可能是宫外孕导致的阴道不规则出血，此时同房除了会造成感染，还可能引起孕囊破裂导致大出血危及生命。