颅底凹陷症不会引起脑脊液中蛋白升高。
脑脊液中蛋白质升高可以见于以下各种疾病，如脑炎，尤其是结核性化脓性脑膜炎、颅内肿瘤及格林-巴利综合征等疾病，这些疾病是可以引起脑脊液蛋白升高的。
而颅底凹陷症是枕骨大孔周围的颅骨及寰枢椎向内突入，使颅腔及枕大孔变小，压迫小脑、延髓、后组颅神经而引起的一系列症状，如颅内压增高、共济失调、眩晕、吞咽的困难、发声的嘶哑、舌肌的萎缩、肢体的瘫痪、呼吸困难等。但脑脊液检查并不会有脑脊液蛋白升高的情况。