服用短效避孕药虽然存在一些副作用，但是只要在医生的指导下正确服用，对身体实际上并没有很大的伤害。
服用短效避孕药有可能会出现一些类早孕反应，比如恶心、呕吐、腹胀等一些胃肠道反应。但是服药适应一段过程之后，这些症状会逐渐消失，而且短效避孕药激素含量不高，在一定程度上对子宫内膜，对卵巢还有保护作用。现在的短效避孕药雄激素水平的含量很低，一般不会导致水钠潴留，也不会引起明显的肥胖。
有些短效口服避孕药可能会影响月经，导致月经量减少，甚至闭经，但是停药之后，短时间内都会恢复正常，所以对身体并没有明显的伤害。但是对于一些比较肥胖，年龄相对比较大，而且喜欢抽烟的女性就不太适合服用短效避孕药，对这一部分人群，容易引起血栓，对身体是有害的。