插导尿管这一操作的副作用主要有两方面，即导尿管直接损伤尿道黏膜导致出血以及导致导尿管相关的尿路感染的发生。
1.尿道黏膜损伤。尿道是一个较细的管道，导尿管在插入的过程中会与尿道黏膜产生一定的摩擦，可能会导致尿道黏膜水肿，严重者可导致尿道黏膜破损而出血。这种情况常见于有前列腺增生以及尿道狭窄的人群，需要及时予以处理。
2.导尿管相关的尿路感染。插入导尿管时若未能严格地按照无菌要求进行操作，可能会将外界的细菌带到尿道内而导致感染的发生，此时需要排除导尿管并予以抗感染治疗。对于不能自主排尿的患者，需要重新更换导尿管插入辅助排尿。