三个月的宝宝便秘，有可能是由于宝宝的消化系统功能尚未发育健全，肠道内菌群失调等原因有关。宝宝的消化能力较弱，对于胃肠道内的食物不能进行完全的消化分解吸收，而容易引起便秘或者腹泻表现。
如果是母乳喂养的宝宝，也可能和妈妈饮食不当有关系。宝宝如果可以正常排气，精神体温正常，建议选择益生菌类的药物进行调理；另外还可以在宝宝的肚脐周围呈顺时针方向轻轻按摩，有助于促进肠道蠕动，促进排便。如果宝宝有服用鱼肝油，建议暂时停药，便秘的情况，还有可能属于上述药物的副作用。