1、抗生素诱发的肠炎，需要做大便的检查才可以确定。如果大便镜检有大量的脓细胞。或者是由革兰氏阳性球菌，做细菌培养的时候，有金黄色葡萄球菌的生长，这个情况可以确定是金黄色葡萄球菌性肠炎。
2、如果在大便镜检下做大便细菌的培养，可以培养出厌氧菌。这种情况属于是假膜性小肠性结肠炎。如果做镜检的时候，见到真俊牙性细胞生成或者是假菌丝。做大便真菌培养，可以进行确定。
3、确定病情，就可以用抗真菌的药物进行治疗。这属于是真菌性的肠炎。
一般情况下抗生素诱发的肠炎就包括真菌性肠炎和假膜性小肠结肠炎。还有一种就是金黄色葡萄球菌性肠炎。这几种是比较常见的。