上颌窦晚期并发症有：鼻腔通气不畅、鼻腔流血、流鼻涕、嗅觉功能减低、牙齿疼痛、牙齿脱落、颈部淋巴结肿大、张口困难、流泪、突眼、复视、视力障碍、面部肿胀、疼痛、麻木、耳部疼痛。
晚期还可以出现肝脏转移、骨转移及肺部转移的情况。对于上颌窦晚期主要采取姑息性的治疗为主。上颌窦癌晚期是可以采取鼻内窥镜下微创局部手术治疗，术后可以采取局部放疗治疗。
其次，对于出现不适的症状可以采取药物对症处理。主要还是以疼痛为主，可以吃点止痛的药物治疗，骨转移是可以采取双膦酸盐药物治疗延缓骨质破坏。