化脓性中耳炎的治疗，多是控制感染、通畅引流为主。长期保守治疗无效，反复流脓，可以考虑手术治疗。
首先，全身治疗。主要是尽早的应用足量的抗生素消炎控制感染，多应用青霉素或是头孢类抗生素，常用的是注射用美洛西林钠或注射用头孢曲松钠。外耳道的脓液，可以取脓液做药物敏感试验指导用药。抗生素疗程一般在10天左右。
其次，局部治疗。外耳道流脓可以用双氧水清理外耳道脓液，必要时需要去医院行外耳道清理，清除外耳道脓液，局部用左氧氟沙星滴耳液滴耳，局部消炎治疗。
如果化脓性中耳炎反复发作、外耳道反复流脓，保守治疗效果不理想，可以考虑手术治疗。