疟疾主要是通过蚊子叮咬而传播，主要是经过雌性的按蚊传播。
我国最重要的蚊种是中华按蚊，它是平原地区间日疟的重要传播途径。其他蚊种，如微小按蚊、雷氏按蚊嗜人血亚种、大劣按蚊在我国也有重要的传播地区。少数的病例是因为输注含有疟原虫的血液或经母婴传播后而感染疟疾，但是相对非常的少见。
疟疾的传染源是疟疾的患者和带疟原虫者，人群对疟疾是普遍易感的，感染后虽可以获得一定的免疫力。但是这种免疫力并不持久，而且各型疟疾之间无交叉免疫的存在，所以可以反复的感染。