舌头根部起疱，有可能是身体内缺乏微量元素。如果患者的身体内缺乏多种微量元素，就有可能出现口腔疾病，例如舌头根起疱，中医认为和肺肾阴亏有直接关系，所以建议以养阴清热为治疗原则。
舌头根部起疱还可能是精神过度紧张引起。很多患者因为工作或者生活，导致精神压力大，就会出现口腔破溃的现象，尤其是人体处于劳累的状态下，加上内分泌紊乱，就会导致舌头根部起疱。
此外，舌头根部起疱和日常饮食习惯也有直接关系，例如长期吃辛辣刺激性的食物等，舌头根部也会出现起疱症状。