对于肾脓肿主要是同肾占位性疾病相鉴别，而肾占位主要是同肾囊肿、肾恶性肿瘤以及肾脏良性肿瘤相鉴别。比如肾癌、肾错构瘤、单纯性肾囊肿以及复杂性肾囊肿相鉴别。对于肾脓肿患者会有发热或者腰痛等症状。
肾囊肿一般是没有此类表现，而影像学检查主要是通过泌尿系彩超或者泌尿系ct，主要对于肾脓肿和肾囊肿相鉴别。因为实性占位，如肾癌或者肾错构瘤，通过b超ct可以和液性暗区相鉴别。而对于囊肿和脓肿，在b超和ct表现下都是不一样的，特别是进行增强ct，有助于肾囊肿和肾脓肿的鉴别诊断。