很多内分泌失调的疾病都可以引起骨质疏松。举例来说，甲状旁腺功能亢进的患者，因为甲状旁腺激素分泌增多，可以引起高钙血症，大量的钙从骨骼释出可以引起骨质疏松。
再者，像腺垂体功能减退，因为性激素的缺乏、甲状腺激素的缺乏，患者也可以出现骨质疏松。还有像库欣综合征的患者因为存在负氮平衡，大量的蛋白流失，骨代谢受到影响，也容易出现骨质疏松，甚至发生病理性骨折。
除了这些疾病以外，还有神经性厌食、甲亢、糖尿病雄激素抵抗综合征、早绝经等，这些内分泌疾病都有可能会导致发生骨质疏松症。