体内雌激素水平高，并不一定容易患巧克力囊肿。
巧克力囊肿发生与体内雌激素水平的高低并没有直接的关系，但是体内雌激素水平高，容易促使巧克力囊肿的生长，使巧克力囊肿增大比较快。因为雌激素较高，会促进子宫内膜生长，同样会促使异位到卵巢内的子宫内膜生长，从而导致巧克力囊肿内的积血增多。
巧克力囊肿的发生与经血倒流有关，经血倒流通过输卵管流入腹腔种植到卵巢，而形成卵巢巧克力囊肿。
要预防卵巢巧克力囊肿，一定要注意经期卫生，经期不要同房。如果生殖道梗阻，比如处女膜闭锁、阴道闭锁、宫颈粘连，要尽早手术，使经血排出通畅，防止经血逆流。