上腭长个小疙瘩其原因包括生理性的和病理性的两种。
1.生理性因素。如果上腭的小疙瘩无红肿疼痛，且位置位于腭中缝，即上颚部正中处有一凸起组织，大多数为正常人体组织，较明显者可呈现出上腭小疙瘩的现象，此为正常生理结构，无需过于担心。
2.病理性因素。如果小疙瘩位于上腭两侧，伴有疼痛且有脓状分泌物，X线光片辅助检查发现牙根尖周围有较大低密度影，则可能由于牙根尖周炎导致上腭出现小疙瘩，需要对患者进行根管治疗。如果小疙瘩位于切牙中缝乳头处，且红肿疼痛，可能为上下牙齿咬合不当形成的创伤所致，需采用消炎药物进行治疗。