如果单纯肠系膜淋巴结肿大，没有相关症状，排除恶性淋巴结肿大，可以暂时不用药。
如果是病毒或细菌感染导致的肠系膜淋巴结肿大，并且出现发热、腹痛、腹泻等表现，可以用清热解毒的药物，比如喜炎平、热毒清、消炎药，比如左氧氟沙星、三代头孢类抗生素等。还可以用肠道益生菌调理，比如枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、乳酸菌素片等。
如果是淋巴瘤或其他恶性肿瘤淋巴结转移，导致的肠系膜淋巴结肿大，一般没有特效药物，需要针对原发病治疗。而且出现淋巴结转移时，大多处于癌症晚期，可以酌情给予放化疗，但预后差，生存期也很短。
总之，肠系膜淋巴结肿大需要结合病因进行治疗。