试管婴儿的危害主要是表现在母体身上。
因为需要做促排卵治疗，在促排卵的过程中，有一部分人可能会出现由于过敏的原因，导致高反应的出现，表现为多卵发育，雌激素水平在短期内迅速的升高，容易诱发胸水、腹水的发生，卵子成熟以后取卵的过程也是一个有创性的操作，在穿刺取卵的过程中，有一定的感染和出血的风险。
此外，在胚胎移植成功以后，保胎需要用药，需要注射药物，担心病人注射的局部可能会有反应，用药的反应引起身体的不适，此外，潜在的危害，比如男性的少精弱精症，是否会影响到下一代，导致下一代出现不育的情况。