一般颌骨囊肿按照病因，可以分为牙源性颌骨囊肿和非牙源性的颌骨囊肿。
其中牙源性的颌骨囊肿一般和牙齿萌出有关，可以由牙或牙相关的组织逐渐演变而来。实际上牙源性的颌骨囊肿是由牙齿形成过程中的造釉器的上皮残留形成的，所以叫牙源性颌骨囊肿。
而非牙源性颌骨囊肿是由颌骨形成胚胎期的上皮残留形成的囊肿。还有一种颌骨囊肿叫做血液外渗性囊肿，它是由于颌骨内的动脉破裂出血形成的血肿造成的。