牙菌斑会导致龋齿。龋齿是由特殊细菌在特殊环境中形成的疾病，这个特殊环境就是牙菌斑，单纯细菌是不会引起龋齿的。生活在牙菌斑中的细菌，能发挥其生物特性，造成龋齿的发生。如果能够严格地控制牙菌斑，就可以有效防止龋病的发生。
牙菌斑的致病作用可以概括为菌斑中的大量细菌代谢碳水化合物，产生酸性物质，造成局部pH值下降，从而导致牙体硬组织脱矿，最终形成龋洞。
菌斑中的细菌产生的有机酸包括乳酸、乙酸、丙酸等，可造成氢离子和半解离的酸扩散到釉质表面，形成孔隙，降低釉质的硬度，从而形成脱矿区，最终形成龋洞。