通常畸胎瘤的发生，并不是由于怀孕所导致的。
生殖细胞在生长分化成熟的过程中，出现某种异常就可以导致畸胎瘤的形成。通常认为遗传因素、环境因素、内分泌因素等，都可能会导致畸胎瘤的产生。当人体长期接受到电离辐射，就可能使人体细胞不正常分化，而形成畸胎瘤。有的研究认为，遗传因素在畸胎瘤的发生也有一定的关系。内分泌系统的异常，比如体内的雄激素过多，也与畸胎瘤的发生有关。
在生活中，不良的饮食结构、精神压力过大、生活不规律、过量吸烟，都可能会造成畸胎瘤的产生。