引起血清阴性脊柱关节病的确切病因尚不完全明确，但是，经多年来的研究发现，疾病的发生是跟遗传因素有一定相关性的。因为这类病变的患者，往往存在有HLA-B27这种基因的阳性，所以患者多有一定的家族遗传史。
而且疾病的发生，还跟某些病原微生物的感染有关，尤其是胃肠道的感染，以及泌尿系统的感染，或者盆腔的感染、宫颈的感染等。另外，也跟免疫功能紊乱有关。所以，通常是上述多种因素共同作用的结果。
一旦诊断成立，要积极的配合治疗，还要坚持做医疗体育锻炼，防止关节畸形的发生。