临床上狼疮性肾炎的治疗，是根据患者病情的严重程度和肾脏病理类型，来决定不同的治疗方案。
一般所有的狼疮性肾炎都需要口服羟氯喹，这是一个最基础的治疗方案，除非对该药物过敏，否则都应该使用该药物。若患者24小时尿蛋白定量大于0.5克以上，在没有禁忌症的情况下，都应该使用ACEI或者ARB类药物，具有降低尿蛋白、保护肾功能的作用。
如果是比较轻的狼疮性肾炎，比如Ⅰ型或者Ⅱ型，可以单用激素治疗；而对于Ⅲ型或者Ⅳ型狼疮性肾炎，需要糖皮质激素联合免疫抑制剂进行治疗，治疗时间约2年左右。