早晨肚子咕噜咕噜叫，可能与以下几个因素有关：
1.晚上没吃晚饭，早上起来的时候因为肚子里的食物比较少，比较饥饿的情况会导致肚子咕噜咕噜叫，这是一种生理性肠鸣，吃完早餐后会缓解。
2.晚上吃很多难消化的食物引起胀气，到了晚上由于活动较少新陈代谢较慢，早上起来肚子就会咕噜咕噜叫，还可能诱发腹胀等症状。
3.早晨肚子咕噜咕噜叫可能与肠道炎症有关，如溃疡性结肠炎等可出现腹泻、腹痛等症状。还会伴有黏液脓血便，大便排不干净的现象。