龟头包皮炎可由多种病菌感染所引起，如果仅仅是普通的细菌感染所引起，大多是外涂红霉素软膏进行治疗。
如果是存在真菌感染，一般外涂氟康唑软膏。对于自身免疫性皮肤病或者是过敏性所导致的龟头包皮炎，主要是使用糖皮质激素软膏治疗。因此，不同类型的龟头包皮炎，所使用的药物也不一样。
在治疗期间，患者还应翻转包皮，对包皮内部使用淡盐水进行清洗。如果反复出现龟头包皮炎疾病，在治愈以后应考虑进行包皮环切术，可降低龟头包皮炎的发病几率。