很多疾病会引起肛门周围疼痛，如肛裂、肛窦炎、肛周脓肿、肛管直肠癌等。
肛裂引起的肛门周围疼痛，多在排便时和排便后，疼痛呈撕裂样或刀割样，疼痛持续数小时，呈间歇性反复发作。肛周脓肿的肛门周围疼痛多呈持续性胀痛或跳痛，肛窦炎排便时会出现肛门针刺样疼痛。
肛管直肠癌晚期疼痛位于肛门、直肠和会阴部，呈持续性坠痛。有时候误食了鱼翅、鸡骨头，会嵌塞在肛管处，出现肛门周围疼痛。肛门内塞入异物，也会出现肛门周围疼痛。