瞳孔颜色不同，主要是由于虹膜的色素不同所导致的，虹膜的色素主要是与遗传因素相关，像亚洲人的虹膜颜色偏棕黑，而欧美人的虹膜颜色偏蓝。而后天可由于一些疾病出现继发性的改变，比如：老年人脱色素改变、虹膜异色综合症等。
老年人由于营养不良容易导致虹膜出现脱色素的改变，从而在裂隙灯下观察虹膜的颜色偏浅，但此种情况一般不会对视力造成影响，因此不需要特殊处理。
而虹膜异色综合症特别容易并发虹膜炎，影响到患者的视力以及生活，因此需要及时前往医院治疗。