腺病毒肺炎如果及时经过正规治疗，大部分患者可以治愈，一般是不会遗留后遗症。
如果没有及时或者正规治疗，可以发展成重症的肺炎。长期高烧可能会出现细菌性肺炎、急性呼吸窘迫综合征、DIC、心衰、呼吸衰竭、中毒性脑病或者脑炎、支气管扩张等并发症。影响肺部的功能，造成其他器官的损害，留下后遗症。
本病的治疗主要是抗病毒，同时对症退热、吸氧等，还要预防细菌的感染。常用的抗病毒药物有利巴韦林、阿昔洛韦等，同时可以用左氧氟沙星、阿奇霉素等预防感染。