卵巢黄体囊肿是卵巢上的一种生理性囊肿，它是在卵巢排卵后，卵巢内卵子排出之后，卵巢上卵泡腔闭合行成黄体。正常黄体功能14天，14天后黄体萎缩，月经来潮。
黄体囊肿就是排卵后，黄体形成囊肿，没有萎缩而是继续增大。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜组织异位在卵巢组织内，卵巢内子宫内膜随月经周期发生变化，有周期性出血，血液就越积越到在卵巢内，形成卵巢巧克力囊肿。
虽然两种都是发生在卵巢里面，但黄体囊肿可以自然消失，一般不需要特别处理。但巧克力囊肿会逐渐增大，侵蚀卵巢功能，导致卵巢功能的受损，影响生育。而且大部分女性会出现有明显腹痛等症状，所以需要药物治疗，甚至是手术治疗。巧克力囊肿增大到一定程度，有可能会自发破裂，甚至引起盆腔腹腔子宫内膜异位症等。